Rückstände von Pestiziden auf oder in Obst, Gemüse und Getreide entstehen in der Regel durch die direkte Anwendung von Pflanzenschutzmitteln innerhalb der angebauten Kultur. Lebensmittel tierischer Herkunft können durch die allgemeine Umweltbelastung (z.B. über das Futter) mit langlebigen Pestiziden belastet sein.
Viele verschiedene Faktoren beeinflussen die Höhe der Rückstandsbelastung einer Obst- bzw. Gemüseart, zum Beispiel wann Pflanzenschutzmittel zuletzt angewendet wurden, wie viel angewendet wurde und die Abbauraten der zuletzt eingesetzten Wirkstoffe.
Einfluss hat auch der zeitliche Abstand zwischen der Anwendung eines Pflanzenschutzmittels und der Ernte. Die meisten Pestizide werden mit der Zeit abgebaut oder durch Regen abgespült. So sind im Frühjahr eingesetzte Mittel im Herbst in der Regel nicht mehr nachweisbar.
Der Gehalt an Rückständen hängt auch von der Größe und Form der Fruchtoberfläche ab. Je größer die Oberfläche ist, desto mehr Pestizide können daran haften bleiben. So weisen zum Beispiel Tafeltrauben aufgrund ihrer verhältnismäßig großen Oberfläche viel mehr Rückstände auf als andere intensiv behandelte Früchte.
Der Wuchsort wirkt sich ebenfalls auf die Pestizidrückstände aus. Kartoffel- und Möhrenpflanzen werden zwar sehr oft mit Pestiziden behandelt. Aber die Kartoffelknollen und Möhrenwurzeln sind im Boden vor dem direkten Sprühnebel geschützt. Deswegen sind diese Fruchtarten relativ unbelastet. Das Gleiche gilt auch für Spargel.
Unkrautvernichtungsmittel (Herbizide) werden normalerweise nicht direkt auf Obst oder Gemüse gespritzt. Sie werden zu Beginn der Vegetationsperiode eingesetzt. Deshalb werden auch verhältnismäßig wenige Herbizide in frischem Obst und Gemüse gefunden.
Mittel gegen Insekten und Pilze (Insektizide und Fungizide) setzt man manchmal noch kurz vor oder nach der Ernte ein. Deshalb werden sie auch häufig nachgewiesen. Bei den verschiedenen Pflanzenschutzmitteln müssen zwischen der Anwendung und der Ernte Wartezeiten eingehalten werden. Diese Wartezeiten sollen sicherstellen, dass die Höchstgehalte eingehalten werden. Rückstandsfreie Ware garantieren sie aber nicht.
